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周期性換向時對控制系統的干擾是蓄熱式加熱爐有別于常規加熱爐之處。但由于此干擾是可以預見的干擾，控制系統在進入自動控制模式時，可采用系統“休克”的方法過濾換向時的干擾。
為穩定燃燒及防止吸冷風，系統應設定爐內壓力在0-50Pa微正壓狀態，計算機系統應能夠通過控制排煙機前的調節蝶閥開度自動跟蹤設定值，保證爐壓始終處于設定范圍內。
安全措施
1.空氣和煤氣在整個蓄熱式高溫燃燒系統中必須完全隔離，避免相遇，才能從根本上保證系統的安全。
對于空煤氣雙預熱的蓄熱式高溫燃燒系統，由于煤氣蓄熱室在換向中殘留有少量的死煤氣，空氣蓄熱室在換向中殘留有少量的死空氣。因此，從空氣蓄熱室和從煤氣蓄熱室出來的煙氣也要通過不同的排煙機、排入不同的煙囪，以避免空煤氣相遇而發生爆炸。
2.在煤氣換向閥前增設煤氣快速切斷閥，換向時先切斷煤氣，然后換向，完成換向動作后再打開切斷閥，以此來保證爐內煤氣的完全燃燒，使進入煙氣中的煤氣量盡可能少，提高煙氣系統的安全性。
3.高爐煤氣中CO的含量高達25%～30%，防止煤氣泄漏造成操作人員的煤氣中毒是一項重要的安全措施。我們的實踐是一方面在煤氣系統結構上盡可能保證嚴密、不漏氣，另一方面在操作區設置固定式CO檢測儀、并設置操作人員隨身攜帶便攜式CO檢測儀，進行安全報警來保證人員安全。
4.此外，空煤氣低壓自動切斷、空煤氣管路上設置泄爆閥這些常規的安全措施在蓄熱式高溫燃燒系統中也是必要的。